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La flore commensale représente l’ensemble des bactéries présentes dans (ou sur) l’organisme et qui participent à son bon fonctionnement. Elle s’oppose ainsi à la flore pathogène qui rassemble l’ensemble des agents pathogènes (bactéries, virus, champignons, parasites) qui peuvent s’attaquer à l’organisme et provoquer des infections. Selon leur localisation, plusieurs types de flore commensale sont distingués. Chacune assure un rôle spécifique et bénéfique pour l’organisme.

Qu’est-ce que la flore commensale ?

La flore bactérienne commensale résidente regroupe l’ensemble des bactéries qui vivent à l’intérieur ou sur l’organisme chez les personnes en bonne santé. Toutes ces bactéries contribuent chacune à leur niveau au bon fonctionnement de l’organisme et sont donc indispensables pour la santé. Le nombre total des bactéries commensales dépasse de loin le nombre total de cellules qui constituent un organisme.

Une bactérie est dite commensale lorsqu’elle vit au contact de l’organisme sans provoquer de troubles. Ces bactéries peuvent provenir de l’environnement ou d’autres organismes.

Tous les organismes sont exposés aux bactéries et la flore commensale se constitue dès la naissance. Cette flore commensale est variable selon :

  • l’âge ;
  • le statut hormonal chez les femmes ;
  • l’alimentation ;
  • l’état de santé ;
  • la prise de certains médicaments (en particulier les antibiotiques qui peuvent détruire tout ou partie de la flore commensale).

La flore commensale apporte des nutriments et des vitamines indispensables pour l’organisme et constitue une barrière écologique contre les agents pathogènes (protection). Cependant, en cas de déséquilibre de la flore commensale (par exemple suite à un traitement antibiotique), certaines bactéries de la flore commensale peuvent devenir pathogènes et provoquer une infection.

Les différents types de flore commensale

Selon leur localisation, quatre grands types de flores commensales sont définis :

  • la flore commensale cutanée qui réside au niveau de la peau ;
  • la flore commensale respiratoire qui réside dans les voies aériennes supérieures ;
  • la flore commensale génitale qui se situe au niveau des muqueuses génitales féminines ;
  • la flore commensale digestive qui réside dans l'appareil digestif.

La flore commensale cutanée

La flore cutanée résidente, présente en permanence au niveau de la peau, varie selon les zones de la peau. Elle se compose essentiellement de trois types de bactéries :

  • des staphylocoques non pathogènes (Staphylococcus epidermidis) ;
  • des corynébactéries ;
  • Propionibacterium acnes.

Parallèlement à cette flore cutanée permanente, une flore bactérienne transitoire est présente sur la peau et varie considérablement au cours du temps. Les bactéries qui la constituent proviennent du tube digestif ou des voies aériennes :

  • des entérobactéries ;
  • des entérocoques ;
  • Pseudomonas æruginosa en particulier en milieu hospitalier ;
  • le staphylocoque doré.

Ces bactéries peuvent être potentiellement pathogènes et jouent un rôle majeur dans la transmission des maladies par les contacts humains. Le lavage des mains est ainsi crucial pour limiter cette flore transitoire et le risque de transmission des maladies.

La flore commensale respiratoire

La flore commensale respiratoire colonise les voies aériennes supérieures. Elle se limite vers le bas à la trachée, les voies aériennes inférieures étant des milieux stériles sauf en cas d’infection. Très variable, elle est très abondante au niveau de la sphère ORL et du pharynx. De nombreuses bactéries potentiellement pathogènes peuvent circuler à ce niveau :

  • le staphylocoque doré ;
  • des streptocoques dont le pneumocoque ;
  • Hæmophilus influenzæ ;
  • Neisseria ;
  • Branhamella catarrhalis ;
  • des corynébactéries ;
  • des lactobacilles ;
  • des bactéries anaérobies.

En cas de déséquilibre de la flore respiratoire, l’une de ces bactéries peut devenir dominante et provoquer une infection respiratoire.

Pour éviter que la flore des voies aériennes supérieures n'atteigne les voies inférieures, des cils, du mucus et des globules blancs sont présents au niveau de la trachée.

La flore commensale génitale

La flore commensale génitale n’existe que chez la femme au niveau vaginal. L’utérus est, quant à lui, un milieu stérile, séparé du vagin par le col de l’utérus. La flore vaginale joue plusieurs rôles majeurs de protection chez la femme. Elle se compose de plusieurs bactéries :

  • principalement les lactobacilles acidophiles ou bacilles de Döderlein qui régulent le pH acide du vagin afin de contrôler la flore vaginale ;
  • du streptocoque B ;
  • des corynébactéries ;
  • Bifidobacterium.

La flore vaginale évolue en fonction du statut hormonal de la femme :

  • avant la puberté où elle est quasiment absente ;
  • à partir de la puberté où elle est dominée par les bacilles de Döderlein ;
  • au cours de la grossesse ;
  • après la ménopause où les bactéries anaérobies et les entérobactéries deviennent plus abondantes.

La flore commensale digestive

La flore commensale digestive ou intestinale est la flore commensale la plus importante et la plus abondante de l’organisme. Elle varie en fonction du niveau de l’appareil digestif.

  • Au niveau de la bouche, la flore salivaire est essentiellement dominée par des bactéries de la flore respiratoire (streptocoques, entérobactéries et bactéries anaérobies). Ces bactéries peuvent jouer un rôle déterminant dans le développement de la plaque dentaire et de ses conséquences (endocardite infectieuse – infection cardiaque).
  • Au niveau de l’estomac, la flore est limitée par la très forte acidité du milieu gastrique.
  • Au niveau de l’intestin grêle, la flore est également limitée par un transit intestinal rapide. On y retrouve majoritairement des streptocoques, des staphylocoques et des lactobacilles.
  • Au niveau du côlon, la flore intestinale est la flore la plus variée de l’organisme : on y trouve principalement des bactéries anaérobies (Bacteroïdes, Bifidobactérium et Clostridium), mais aussi des entérobactéries, des entérocoques et des staphylocoques.

Elle assure des rôles fondamentaux et permet entre autres (quand tout va bien) :

  • la synthèse de la vitamine K (rôle essentiel dans la coagulation sanguine) ;
  • l’absorption des aliments (rôle digestif) ;
  • de prévenir les infections intestinales mais aussi les allergies (rôle immunitaire majeur) ;
  • de lutter contre le développement des cellules cancéreuses et de certaines maladies neurodégénératives, Alzheimer et Parkinson notamment ;
  • de conserver le moral via la fabrication de sérotonine au niveau des cellules intestinales ;
  • de gérer le poids (les personnes en surpoids ou obèses ont une flore intestinale déréglée qui les empêche de maigrir) et une mauvaise flore intestinale est aussi associée au diabète.
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